Các xe môtô của lực lượng công an, quốc phòng và môtô của chủ phương tiện thuộc các hộ nghèo theo quy định của pháp luật được miễn nộp loại phí này.
UBND thành phố cũng quy định, với xe môtô phát sinh trước ngày 1/1/2013 thì tháng 8/2013 bắt đầu khai, nộp phí cả năm 2013, mức thu phí 12 tháng. Đối với xe mô tô phát sinh từ ngày 1/1/2013 đến 30/6/2013, chủ phương tiện phải khai, nộp phí 6 tháng. Thời điểm khai, nộp chậm nhất là ngày 30/8/2013. Phương tiện phát sinh từ 1/7 - 31/12/2013 thì nộp phí vào tháng 1/2014 cho phí của năm 2014.
UBND xã, phường, thị trấn sẽ trực tiếp thu phí, các phường, thị trấn sẽ được để lại 10%; các xã được để lại 20% số phí thu được. Số tiền còn lại sẽ được đưa vào Quỹ bảo trì đường bộ tại Kho bạc Nhà nước.
Theo Nghị định của Chính phủ, nguồn thu phí bảo trì đối với xe máy sẽ được sử dụng bảo trì đường bộ tại các địa phương. Nguồn thu từ ôtô sẽ sử dụng để bảo trì hệ thống đường quốc lộ.
Trao đổi với báo chí đầu tháng 7, ông Nguyễn Huy Tưởng, Phó chủ tịch UBND Hà Nội cho biết, với mức phí bảo trì mà Hà Nội áp dụng với xe máy là khá thấp, có thể thành phố phải tính toán lại mức để lại cho bộ máy thu phí tại các xã, phường để đảm bảo quyền lợi cho đơn vị thu phí.