Theo đó, qua khu đoạn cầu Ghềnh có 10 đôi tàu khách, trong đó có 5 đôi tàu khách Hà Nội – Sài Gòn và ngược lại gồm SE1/2, SE3/4, SE5/6, SE7/8, TN1/2; một đôi tàu SE21/22 Sài Gòn – Vinh và ngược lại, một đôi tàu SE25/26 Sài Gòn - Quảng Ngãi và ngược lại, 2 đôi tàu Sài Gòn - Nha Trang và ngược lại gồm SNT1/2, SNT5/6 và một đôi tàu SPT1/2 Sài Gòn - Phan Thiết và ngược lại.
Đường sắt cũng tổ chức chạy 5 đôi tàu hàng Giáp Bát – Sóng Thần qua khu đoạnđường sắt này.
Từ ngày 24/6, các đoàn tàu không chuyển tải qua ga Biên Hòa xuất phát từ ga Hà Nội gồm: tàu TN1, SE3, SE1 và từ ngày 25/6 gồm tàu SE5, SE7. Tàu SNT1 và tàu SE25 xuất phát lần lượt từ Nha Trang, Quảng Ngãi từ 25/6 và các đoàn tàu khác xuất phát từ ga Sài Gòn từ ngày 26/6.
Để phục vụ nhu cầu đi lại của nhân dân trong dịp hè 2016, ở khu vực phía Nam, ngành Đường sắt cũng tổ chức chạy thêm các đôi tàu SNT3/SNT4, HNT7/HNT8 tuyến Sài Gòn – Nha Trang và tàu SPT3/SPT4, SPT5/6 tuyến Sài Gòn – Phan Thiết.
Ngoài ra, tàu TN2 đỗ thêm ga Gia Ray, tàu TN1/TN2 đỗ thêm ga Cầu Giát, tàu SE21/22 đỗ thêm ga Dĩ An, tàu SE8 đỗ thêm ga Bồng Sơn, tàu SE7/8 đỗ thêm ga Minh Khôi, tàu N11/N12 đỗ thêm ga Vân Canh để đón, trả khách.
Tổng công ty Đường sắt VN cũng cho biết, hành khách đã mua trước vé đi trong các ngày từ 26 đến hết ngày 30/6 có thể liên hệ với các nhà ga và đại lý để biết thêm thông tin chi tiết.